Akademik Stipan Jonjić dobitnik je Europske virološke nagrade za doprinos u razumijevanju fiziologije imunološkog odgovora na virusne infekcije. Nagradu dodjeluje Europsko virološko društvo pojedincima koji su dali izniman doprinos od velikog teorijskog i/ili praktičnog značaja u području virologije. Nagradom se odaje priznanje vrhunskim znanstvenim dostignućima s dalekosežnim utjecajem na zdravlje biljaka, životinja ili ljudi, te za doprinos promicanju europske virologije. Do sada je nagrada dodijeljena 2007. godine Jeanu Lindemannu (Zürich), 2010. godine Peteru Paleseu (New York), 2013. godine Ariju Heleniusu (Zürich) i 2016. Ralfu Bartenschlageru (Heidelberg).
