Doktorski studiji predstavljaju najviši stupanj obrazovanja u visokoškolskom obrazovnom sustavu. Medicinski fakultet u Rijeci izvodi pet doktorskih studija u okviru Doktorske škole iz znanstvenog područja biomedicina i zdravstvo:
- Doktorski studij Biomedicina (180 ECTS)
- Doktorski studij Klinička medicina (180 ECTS)
- Doktorski studij Dentalna medicina (180 ECTS)
- Doktorski studij Javno zdravstvo (180 ECTS)
- Doktorski studij Zdravstveno i ekološko inženjerstvo (180 ECTS).
Dok je studijski program Biomedicina namijenjen razvoju znanstvenoistraživačkih kadrova za potrebe temeljnih istraživanja u medicini, studijski program Klinička medicina usmjeren je na klinička istraživanja, a studijski program Dentalna medicina osmišljen je za specifične istraživačke potrebe u sklopu dentalne medicine. Studijski programi Javno zdravstvo i Zdravstveno i ekološko inženjerstvo namijenjeni su stvaranju interdisciplinarnoga znanstvenoistraživačkog kadra javnozdravstvene orijentacije.
Pravo upisa na studije u okviru Doktorske škole imaju svi kandidati koji su završili sveučilišni integrirani prijediplomski i diplomski ili sveučilišni diplomski studij biomedicinske i javnozdravstvene orijentacije, kao i ostalih srodnih područja.
Trajanje svih studijskih programa koje obuhvaća Doktorska škola je tri godine, bez mogućnosti pohađanja nastave u dijelu radnog vremena.