Zavodi, klinike i klinički zavodi
Zavodi, klinike i klinički zavodi temeljni su organizacijski oblik rada Fakulteta, određen po osnovi povezanosti i istovrsnosti znanstvenog, stručnog i nastavnog rada kao jedinstvenog djelatnog procesa. Klinike i klinički zavodi su organizacijski oblici koji predstavljaju specifičnost u edukaciji zdravstvenih djelatnika, a organizirani su u okviru Kliničkog bolničkog centra i drugih nastavnih baza Fakulteta. Klinike i klinički zavodi organizirani su temeljem zadovoljavanja strogih uvjeta propisanih nadležnim propisima iz područja zdravstva. Radom zavoda, klinike i kliničkog zavoda rukovodi predstojnik. Predstojnici zavoda, klinika i kliničkih zavoda najčešće su i pročelnici katedri. Čelnici ustrojbenih jedinica rukovode radom jedinica, predsjedavaju sastancima, koordiniraju rad zaposlenika radi funkcionalnijeg obavljanja poslova vezanih uz nastavu ili istraživački rad.
Medicinski fakultet trenutno ima 39 katedri/zavoda.
Katedre
Katedre su temeljni organizacijski oblik nastavnog i znanstvenog rada Fakulteta, čiji se broj i nazivi uređuju općim aktom o organizaciji Fakulteta. Osnovna uloga katedri je provođenje i usklađivanje nastave na svim studijskim programima fakulteta, briga o unaprjeđenju nastavnog procesa, izboru i napredovanju kadrova koji sudjeluju u nastavi. Radom katedre rukovodi pročelnik.